Конференцията „Дейността на Държавна сигурност и Българската православна църква по времето на комунизма” беше проведена през ноември 2011 година, когато все още имаше съмнения до каква степен Държавна сигурност е успяла да проникне в днешната висша църковна иерархия. Резултатите от проверката бяха оповестени през януари 2012 година и от мнозина бяха приети за изненадващи (дори шокиращи), като е много вероятно тези разкрития да оставят траен отпечатък върху публичния образ на голяма част от митрополитите на Българската православна църква. Настоящият доклад беше подготвен за конференцията, проведена през ноември 2011 година, но беше довършен и преработен след като резултатите от проверката бяха оповестени, поради което той е съобразен и с тези резултати.
Оповестената проверка на Комисията по досиетата не съдържа цялата истина за отношенията между Държавна сигурност и Българската православна църква. Висшето духовенство попада в обхвата на категорията лица, извършващи „публични дейности” по смисъла на Закона за досиетата, което означава, че на проверка подлежат лицата, заемащи тези длъжности след приемането на Закона през 2006 година, а не след 1989 година, на каквато проверка подлежат лицата, заемащи „публични длъжности”. В случая с висшето духовенство на Българската православна църква това ограничение няма особено значение, тъй като според Закона Комисията по досиетата няма право да оповестява имената на сътрудниците, които са покойници. На практика това означава, че Комисията е проверила и оповестила имената на всички живи сътрудници сред висшия клир на Българската православна църква, заемали тази позиция след 1989 година.