Конференцията „Дейността на Държавна сигурност и Българската православна църква по времето на комунизма” беше проведена през ноември 2011 година, когато все още имаше съмнения до каква степен Държавна сигурност е успяла да проникне в днешната висша църковна иерархия. Резултатите от проверката бяха оповестени през януари 2012 година и от мнозина бяха приети за изненадващи (дори шокиращи), като е много вероятно тези разкрития да оставят траен отпечатък върху публичния образ на голяма част от митрополитите на Българската православна църква. Настоящият доклад беше подготвен за конференцията, проведена през ноември 2011 година, но беше довършен и преработен след като резултатите от проверката бяха оповестени, поради което той е съобразен и с тези резултати.
Най-общо казано, това са следните въпроси: Как е възможно Държавна сигурност да проникне толкова дълбоко сред висшето духовенство? Защо процентът на съпричастни към Държавна сигурност лица сред висшето духовенство е значително по-голям, отколкото сред другите проверявани професионални и обществени групи? Каква е била приблизителната бройка на агентурата сред висшето духовенство? Означава ли това, че Държавна сигурност е успяла да подчини изцяло Православната църква през комунизма? Какви са основните цели на агентурата на Държавна сигурност сред висшето духовенство, до каква степен тези цели са били реализирани и какво значение има този факт за посткомунистическото развитие на Църквата?
От своя страна в отдел 03 към Шесто управление на Държавна сигурност, натоварено с противодействието на духовенството, в началото на 80-те години работят между 8 и 10 оперативни работници, което (с известно приближение) означава, че всеки един от оперативните работници е трябвало да има поглед върху 8-10 души от потенциалните висши духовници в средите на Православната църква. В този брой не влизат оперативните работници от окръжните управления на МВР, които също имат за задача да следят настроенията сред висшето духовенство. Разбира се, това не включва и останалата част от „контингента” в средите на Православната църква, като наблюдението на Духовната академия, Семинарията и други структури.
Отчетът на същия отдел две години по-късно отбелязва известно нарастване на агентурния апарат. През 1982 година отделът вече работи общо с 58 души, от които по линия на православното духовенство продължават да работят 32 души, разпределени по следния начин:
Данните дават основание за хипотезата, че в настоящия състав на Светия Синод има по-висок процент сътрудници на Държавна сигурност, отколкото във всеки един Синод в годините на комунизма. Тази хипотеза се основава както на тенденцията за увеличаване на агентурата от началото на 70-те до началото на 80-те години, така и на други косвени данни, свързани с динамиката на политиката към Църквата през комунизма. Консерватизмът на Църквата предполага, че както толкова години след края на комунизма Държавна сигурност продължава да присъства активно сред висшите духовници, така и в годините на комунизма са били необходими десетилетия преди Държавна сигурност да успее активно да навлезе сред висшето духовенство. Тази хипотеза се подкрепя и от други данни за вътрешната динамика между държавните институции, натоварени с прокарването на политиката към Църквата. До края на 60-те години Комитетът по църковни въпроси е неоспорим фактор в прокарването на тази държавна политика, докато от началото на 70-те години превес взима Държавна сигурност, която успява да спечели бюрократичната война с Комитета по църковни въпроси, разразила се в края на 60-те и началото на 70-те години. Наред с увеличаването на агентурата, косвен резултат от тези нови отношения е и активи-зирането на административната репресия срещу духовенството през последните две десетилетия на комунистическата епоха.
Другата цел на Държавна сигурност е свързана с икуменическото движение, към което Българската православна църква се връща през 1961 година. В архивите има запазени многобройни документи, които доказват пропагандния характер на участието на българските духовници в икуменическото движение. Това е валидно не само за поместната ни православна църква, но и за всички църкви от Източна Европа, без значение от тяхното изповедание. Целта на участието в икуменическите организации (основно в Световния съвет на църквите) е дейността на тези организации да бъде насочена в благоприятна за комунистическата пропаганда насока, което до голяма степен е и постигнато. Благодарение на техните координирани усилия, те имат възможност да влияят както върху позициите на тези организации, така и върху хората, които са избирани в тяхното ръководство. И на последно място, но далеч не и по важност, е задачата българските представители в икуменическите организации да се противопоставят на опитите за критики на западните представители за липсата на религиозна свобода в страните от Източна Европа. С много малко изключения, тази задача също е успешно постигната. Сред другите външни цели на Държавна сигурност е и проникването и установяването на контрол върху братството в Зографския манастир, като до голяма степен тази цел се проваля. Всички тези насоки на работа на Държавна сигурност бяха допълнени от оповестените и публикувани досиета на висшите духовници, макар че като цяло те бяха ясни още преди публикуването на този списък.
Далеч не на последно място, преподавателите в Духовната академия имат възможност и да задават тона в официалната църковна дискусия, публикувайки книги и съчинения, които са в унисон с държавната политика. Като се имат предвид ограниченията върху църковния печат през комунизма (по отношение на тематиката, тиража и разпространението), значително се увеличава значението на книгите, публикувани през този период с одобрението на комуни-стическата държава.