Отношението на протестантската теология към атеизма зависи от начина, по който се мисли Бог, чието съществуване атеизмът отрича. Ако Бог се възприема като биващ, като принадлежащ към света на биващото, пък бил Той и най-висшето биващо, то науката, чийто обект е този свят, е атеистична по необходимост. Защото тя разглежда единствено феномени, които могат да се обективират и да бъдат предмет на изследователското мислене. А един Бог, достъпен за обективиращото мислене, не би бил Бог. Това не означава, че научното изследване на биващото отрича действителността на Бога изобщо. Научното мислене е атеистично, доколкото не казва и не може да каже нищо за Бога. Защото Той не принадлежи на достъпното за изследване царство на действителното, тоест на царството на биващото. С това научното изследване прави услуга на теологията, принуждавайки я да говори за действителността на Бога като действителност отвъд биващото.
Съзнателният атеизъм може да приема различни форми. Той често се изразява в категорично отричане на действителността на Бога – онази действителност, която атеизмът открива или поне му се струва, че открива, в църковната догматика, говореща за Бог като биващ или поне изглеждаща, че говори за Него по този начин. Този атеизъм се различава от атеизма на науката – чийто предмет в последна сметка е светът на биващото – по това, че разбира негативното отношение на науката към въпроса за Бога не само като методическо, тоест като неказващо нищо за действителността на Бога, а като категоричното отхвърляне на съществуването му изобщо. За този атеизъм Бог е наистина „мъртъв“. За него вярата в Бога е илюзия, а говоренето за Бога е просто митология.
В светлината на това слово именно историческите ситуации и срещи стават разбираеми като Божие слово, а благовестието постоянно придобива ново значение. Защото словото Божие не е (казано по Тилих) отминал речеви акт на Бога, а и защото всяка действителност може да се превърне в слово Божие, доколкото тъкмо в нея трансцендентната реалност призовава човека, едновременно съдейки и помилвайки го.